Podatnicy przygotowują e-faktury w swoich systemach finansowo-księgowych w postaci plików tekstowych XML, zgodnie ze schematem ustalonym przez Ministerstwo Finansów, a następnie przesyłają je do KSeF za pomocą API (czyli interfejsu umożliwiającego połączenie i wymianę danych między systemami). Nie jest wymagane korzystanie z konkretnego oprogramowania, ale podatnik musi zadbać o to, aby wygenerowany plik faktury był zgodny ze strukturą logiczną XSD e-faktury, która określa układ i wzajemne powiązania pól na fakturze.
Dla podatników, którzy nie posiadają dedykowanych rozwiązań do obsługi KSeF, wystawienie e-faktury jest możliwe poprzez skorzystanie z bezpłatnych narzędzi udostępnionych przez Ministerstwo Finansów (Aplikacja Podatnika KSeF, e-Mikrofirma oraz zapowiadana aplikacja mobilna KSeF).